A organização do Campeonato Paulista negou que o São Paulo tenha sido rebaixado na edição de 1990. Em jogo de “verdade ou mentira” em seu perfil no Instagram, o perfil do Paulistão foi questionado sobre a queda do Tricolor e respondeu:
“Mentira. O Regulamento do Paulista de 1990 não previa rebaixamento para a chamada Divisão Especial”, escreveu o perfil.
Em 1990, 24 times participaram da primeira fase do Paulistão, divididos em dois grupos. No Grupo I, estavam as 12 equipes que haviam passado para a segunda fase do campeonato de 1989, entre eles o São Paulo. No Grupo II, estavam os 10 times que haviam sido eliminados na primeira fase da edição anterior, mais os dois times que haviam conquistado o acesso na Divisão Especial em 1989 (Ituano e Ponte Preta).
Na primeira parte, as equipes fariam um turno contra os times da outra chave, depois outro turno dentro da própria chave. Avançariam os três melhores de cada grupo, mais as seis outras melhores campanhas. Dos 12 classificados, sete eram do Grupo I e cinco, do Grupo II.
As outras 12 equipes restantes foram para uma repescagem, divididos em duas chaves. Cada equipe jogaria em turno e returno com os rivais da própria chave. No fim, o primeiro colocado de cada grupo garantiria uma vaga na terceira fase. Os outros 10 formariam o Grupo Amarelo do Paulistão de 1991, equivalente ao Grupo II de 1990.
No Grupo I, o Botafogo garantiu a vaga e o São Paulo foi para o Grupo Amarelo da próxima edição, ao lado de Santo André, Ponte Preta, Inter de Limeira e Noroeste. No Grupo II, o Guarani ficou com a classificação, deixando para trás União São João, São Bento, Juventus, São José e Catanduvense. Além das equipes Olímpia, Rio Branco, Marília e Grêmio Sãocarlense foram para o Grupo Amarelo de 1991, permanecendo na elite do futebol paulista. Apesar das confusões no regulamento, o São Paulo não foi rebaixado em 1990, e conquistou o título em 1991.